📅 A nap kiterjesztése
.067 - Tömörített archív fájl
Egyes tömörítési és archiválási segédprogramok 067 fájlkiterjesztést használnak egy osztott többkötetes archívum 67. rés...
.CHIP fájlkiterjesztés
Microarray annotációs fájl
A CHIP fájl egy microarray annotációs fájl, amelyet a Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) szoftver használ. Tartalmaz egy táblázatot, amely a microarray jellemzőit (azaz próbakészleteket) génszimbólumokhoz és címekhez rendeli hozzá. A CHIP fájlokat arra használják, hogy az egyes génexpressziós adatfájlokban található nem szimbólum génazonosítókat szimbólum azonosítókká alakítsák át.
A GSEA egy génelemző program, amellyel megállapítható, hogy egy a priori meghatározott génkészlet mutat-e statisztikailag szignifikáns, egybevágó különbségeket a biológiai állapotok között. Az elemzés végrehajtása során a tudósoknak több különböző típusú adatot kell betölteniük a GSEA-ba, beleértve a génexpressziós adatkészletet, a megfelelő mintajegyzeteket és a génkészletek gyűjteményét.
A tudósok leggyakrabban a GSEA-t a Molecular Signatures Database (MSigDB) génkészlet fájljaival használják. Ezek a fájlok HUGO emberi génszimbólumokból állnak. Egyes génexpressziós fájlok azonban más típusú azonosítókat használnak. Ha egy tudós találkozik ezen génkifejezési fájlok egyikével, akkor egy CHIP-fájlt kell használnia a fájl azonosítóinak konvertálásához az MSigDB génkészlet fájljaiban szereplő emberi szimbólumokká. Csak ezután tudják elvégezni az elemzést.
A CHIP fájlok olyan táblázatok, amelyek általában három adatoszlopot tartalmaznak:
- Probe Set ID: A génexpressziós adatfájlban használt nem génszimbólum-azonosítók
- Génszimbólum: A megfelelő génszimbólum azonosítók
- Géncím: A megfelelő géncímek
A gene_symbol.chip fájl tartalmaz egy további oszlopot, Aliases. Ez az oszlop további génszimbólumokat tartalmaz, ha egy próbakészlet-azonosító több génszimbólumhoz is leképezhető.
A GSEA egy génelemző program, amellyel megállapítható, hogy egy a priori meghatározott génkészlet mutat-e statisztikailag szignifikáns, egybevágó különbségeket a biológiai állapotok között. Az elemzés végrehajtása során a tudósoknak több különböző típusú adatot kell betölteniük a GSEA-ba, beleértve a génexpressziós adatkészletet, a megfelelő mintajegyzeteket és a génkészletek gyűjteményét.
A tudósok leggyakrabban a GSEA-t a Molecular Signatures Database (MSigDB) génkészlet fájljaival használják. Ezek a fájlok HUGO emberi génszimbólumokból állnak. Egyes génexpressziós fájlok azonban más típusú azonosítókat használnak. Ha egy tudós találkozik ezen génkifejezési fájlok egyikével, akkor egy CHIP-fájlt kell használnia a fájl azonosítóinak konvertálásához az MSigDB génkészlet fájljaiban szereplő emberi szimbólumokká. Csak ezután tudják elvégezni az elemzést.
A CHIP fájlok olyan táblázatok, amelyek általában három adatoszlopot tartalmaznak:
- Probe Set ID: A génexpressziós adatfájlban használt nem génszimbólum-azonosítók
- Génszimbólum: A megfelelő génszimbólum azonosítók
- Géncím: A megfelelő géncímek
A gene_symbol.chip fájl tartalmaz egy további oszlopot, Aliases. Ez az oszlop további génszimbólumokat tartalmaz, ha egy próbakészlet-azonosító több génszimbólumhoz is leképezhető.
Fájl információ
- Kiterjesztés:
- .CHIP
- Típus kód:
- CHIP
- Kategória:
- Táblázat